Do tej pory nie został jednoznacznie rozstrzygnięty spór, o to kto powinien być płatnikiem PIT od umów cywilnoprawnych (np. umów zlecenia, umów o dzieło) – czy jednostka samorządu terytorialnego, czy jej jednostka organizacyjna. Problematyczne jest zatem ustalenie, kto powinien obliczać, pobierać i wpłacać do urzędu skarbowego zaliczki na podatek dochodowy oraz wystawiać informacje PIT-11.

Przy umowach o pracę przepisy Kodeksu pracy wprost przewidują, że pracodawcą może być jednostka organizacyjna. Podobnego zapisu brakuje w zakresie umów cywilnoprawnych. Zatem problem pojawia się w związku z tym, że jednostka budżetowa lub zakład budżetowy zawiera umowy w imieniu gminy (na podstawie pełnomocnictwa), ale to ta jednostka organizacyjna wypłaca wynagrodzenia.

W wydawanych interpretacjach organy podatkowe jednolicie stwierdzają, że płatnikiem jest podmiot, który jest stroną umowy. Dla przykładu przywołać można interpretację DKIS z 17.04.2020 r. sygn. 0112-KDIL2-2.4011.75.2020.1.IM, w której wskazano, że: „Dla uznania danego podmiotu za płatnika świadczeń z tytułu umów cywilnoprawnych decydujące znaczenia ma to, kto jest stroną tej umowy. Obowiązki płatnika są bowiem konsekwencją czynności prawnej i obarczają stronę umowy”.

Treść at. 41 ustawy o PIT stanowi jednak, że osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą, osoby prawne i ich jednostki organizacyjne oraz jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej, które dokonują świadczeń z tytułu działalności, o której mowa w art. 13 pkt 2 i 4-9 (tj. m.in. umów cywilnoprawnych) są obowiązane jako płatnicy pobierać, zaliczki na podatek dochodowy.

Na tej podstawie orzecznictwo sądów administracyjnych prezentuje stanowisko zupełnie odmienne od organów podatkowych.

Przykładowo Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 2 marca 2021 r. o sygn. II FSK 39/21 orzekł, że: ,,W świetle art. 41 ust. 1 u.p.d.o.f. płatnikiem może być zarówno osoba prawna, jak i jej jednostka organizacyjna. Przepis ten nie wskazuje, aby okolicznością decydującą w tym względzie miało być to, kto jest stroną umowy cywilnoprawnej, na podstawie której dokonywana jest wypłata należności.”. Dodatkowo sąd podkreślił, że „o przypisaniu statusu płatnika osobie prawnej, czy też jej jednostce organizacyjnej, może być wyłącznie „dokonywanie świadczeń z tytułu działalności", a więc dokonywanie wypłaty wynagrodzenia z tytułu umowy cywilnoprawnej”.

Na tej podstawie uznano, że ustawodawca przypisuje status płatnika podmiotowi, który „dokonuje świadczenia”, czyli dokonuje wypłaty na rzecz podatnika, co wskazuje na okoliczność wykonywania technicznej czynności wypłaty, nie zaś na okoliczność prawną będącą rezultatem zawarcia umowy cywilnoprawnej, a co za tym idzie – byciem stroną stosunku zobowiązaniowego, z którego wypłata wynika. Ustawa nie przypisuje statusu płatnika podmiotowi odpowiedzialnemu na mocy zawartej umowy cywilnoprawnej za wypłatę wynagrodzenia, ale podmiotowi, który tej wypłaty technicznie dokonuje.

Skoro przywołany przepis wskazuje jako płatników zarówno osoby prawne, jak ich jednostki organizacyjne, oznacza to, że ustawodawca dopuszcza, że płatnik nie jest stroną umowy, która stanowi tytuł do wypłaty należności. Zatem jeżeli ustawodawca chciałby powiązać obowiązki płatnika z byciem stroną umowy, to nie wskazywałby w tym przepisie jednostek organizacyjnych jako płatników, obok samej osoby prawnej.

Podobne stanowisko zajął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w wyroku z dnia 2 czerwca 2022 r. o sygn. I SA/Łd 203/22.

Mimo, że jest coraz więcej wyroków sądów administracyjnych w omawianym zakresie, na podstawie których są uchylane indywidualne interpretacje podatkowe, organy podatkowe nie zmieniają jeszcze swojego stanowiska.