Wprowadzane na przestrzeni ostatnich lat zmiany w zakresie cen transferowych zasadniczo miały wyłączyć z obowiązku dokumentacyjnego m.in. spółki komunalne. Treść przepisów wskazuje jednak, że brak obowiązku sporządzenia dokumentacji cen transferowych dotyczy spółek powiązanych z gminami wyłącznie kapitałowo. Oznacza to, że w przypadku powiązań o charakterze osobowym dokumentacje cen transferowych mogą być konieczne.

Aktualnie - z uwagi na okres przedawnienia - dokumentacje podatkowe powinny być rozpatrywane w 3 różnych reżimach prawnych tj.

1. obowiązującym do końca 2016 r.,
2. obowiązującym od 2017 r. do końca 2018 r. oraz
3. obowiązującym od początku 2019 r.

W każdym z tych okresów obowiązki dokumentacyjne nieco się od siebie różnią, przede wszystkim w zakresie limitów transakcyjnych, elementów dokumentacji oraz definicji podmiotów powiązanych.

Jedna z nowelizacji, obowiązująca od 1 stycznia 2018 r., zakładała wyłączenie stosowania przepisów o cenach transferowych i o obowiązku dokumentowania tych cen w przypadku podmiotów, u których jedynym czynnikiem kwalifikującym do uznania je za „podmioty powiązane” jest fakt, że udziały (akcje) w tych podmiotach posiada Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego.

Sposób sformułowania przepisów w tym zakresie budził spore wątpliwości interpretacyjne. Wynikało to za faktu, że w przepisach o szacowaniu dochodu, do których odwoływano się przy ustalaniu powiązań, wyłączono Skarb Państwa i jednostki samorządu terytorialnego.

Niejednoznaczna treść przepisów i brak precyzji powodował, że zastanawiano się, czy spółki komunalne są całkowicie wyłączone z obowiązku sporządzania dokumentacji cen transferowych. Stanowisko organów podatkowych oraz orzecznictwo sądów administracyjnych prezentowało jednak pogląd, że brak obowiązku dokumentacyjnego dotyczy spółek komunalnych, które są powiązane z daną gminą wyłącznie kapitałowo.

Przykładowo w prawomocnym wyroku WSA we Wrocławiu z 18.12.2019 r. o sygn. I SA/Wr 657/19 uznano, że spółka komunalna powiązana z gminą poprzez osobę zastępcy wójta, który w spółce wchodził w skład rady nadzorczej, jest zobowiązana do sporządzenia dokumentacji cen transferowych. Powiązanie o charakterze osobowym spowodowało, że spółka powinna przeanalizować swoje transakcje i obowiązek dokumentacyjny.

Aktualna treść przepisu (obowiązująca od początku 2019 r.) również przewiduje, że „obowiązek sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych nie ma zastosowania do transakcji kontrolowanych, w przypadku gdy powiązania wynikają wyłącznie z powiązania ze Skarbem Państwa lub jednostkami samorządu terytorialnego lub ich związkami”.

Powyższe może oznaczać, że w przypadku powiązań osobowych (np. gdy ta sama osoba fizyczna wywiera znaczący wpływ zarówno w gminie, jak i w spółce komunalnej poprzez m.in. posiadanie co najmniej 25% praw głosu w organach kontrolnych, stanowiących lub zarządzających lub poprzez faktyczną zdolność do wpływania na podejmowanie kluczowych decyzji gospodarczych) konieczne będzie ustalenie obowiązku dokumentacyjnego. W tym celu należy przyjrzeć się dokonywanym transakcjom, ich rodzajom i wartościom. Po przekroczeniu limitów transakcyjnych może bowiem wystąpić obowiązek sporządzenia dokumentacji cen transferowych, a w konsekwencji również obowiązek złożenia informacji o cenach transferowych na formularzu TPR-C.