Reforma oświaty nadal budzi liczne obawy, w tym także dotyczące ewentualnej konieczności zwrotu dofinansowań z unijnych funduszy, pozyskanych dotąd przez samorządy na wyposażenie czy inwestycje w tego typu placówki, w szczególności w ramach regionalnych programów operacyjnych.

Problematyczna może się bowiem okazać tzw. zasada trwałości projektów UE, zgodnie z którą gimnazjum, na którego wyposażenie, budowę czy rozbudowę pozyskano środki  powinno funkcjonować i realizować swoje zadania przez kolejnych pięć lat od zakończenia i rozliczenia projektu sfinansowanego ze środków unijnych. Realne zagrożenie w postaci konieczności zwrotu środków UE powstaje zwłaszcza w sytuacji, gdy dana placówka zostałaby zlikwidowana przed zakończeniem okresu trwałości projektu, a np. powstały czy zmodernizowany z udziałem funduszy UE budynek dotychczasowego gimnazjum przestałby w jakikolwiek sposób być użytkowany na cele związane z publicznym systemem edukacji. Co ważne, wymóg zapewnienia trwałości rezultatu projektu dotyczy zarówno przedsięwzięć sfinansowanych w latach ubiegłych w ramach perspektywy 2007-2013 (art. 57 rozporządzenia ogólnego 1083/2006), jak i przedsięwzięć objętych dotacją przyznaną w ramach obecnej perspektywy finansowej 2014-2020 (art. 71 rozporządzenia ogólnego nr 1303/2013).

Obaw samorządowców związanych z likwidacją gimnazjów nie rozwiewa do końca komunikat w tej sprawie, wydany przez Ministra Rozwoju. Co prawda wskazano, że zobowiązania wynikające z konieczności zachowania trwałości projektów, wynikające z dotychczas zawartych umów o dofinansowanie, będą mogły być przenoszone na inne podmioty np. na inne szkoły czy organy prowadzące - warunkiem jest jednak zagwarantowanie przez nie dalszej realizacji celów projektów sfinansowanych ze środków UE. Podkreślono też, że zobowiązania podjęte przez beneficjentów w zakresie zachowania trwałości rezultatów przedsięwzięć sfinansowanych z funduszy UE w sytuacji zmiany struktury szkół, w tym stopniowego wygaszania gimnazjów – będą każdorazowo wymagały szczegółowej analizy pod kątem możliwości dalszego wykorzystywania tychże rezultatów do osiągania celów edukacyjnych i zachowania ich funkcji oświatowych.

Jakkolwiek zatem likwidacja gimnazjów nie oznacza automatycznej utraty dofinansowania ze środków unijnych, tak dopuszczalność ewentualnego przeniesienia zobowiązań wynikających z umowy o dofinansowanie na inny podmiot (szkołę, placówkę oświatową, organ prowadzący) będzie wymagała każdorazowo indywidualnej oceny w ramach danego projektu, w tym pod kątem zachowania rezultatów projektu, analizy i oceny dopuszczalności ewentualnych zmian w funkcjonowaniu i wykorzystywaniu obiektu wybudowanego w ramach projektu oraz zachowania funkcji oświatowych. Warto też pamiętać, że większość umów o dofinansowanie przewiduje  zobowiązanie beneficjenta, aby o wszelkich planowanych zmianach projektu mogących mieć wpływ na zachowanie trwałości projektu informować z wyprzedzeniem instytucję zarządzającą, a niektóre z tych zmian mogą również wymagać uzyskania uprzedniej pisemnej zgody instytucji zarządzającej, z którą samorząd zawierał umowę o dofinansowanie projektu.